Bioinformatik och statistik

Mål

Kunskap och förståelseEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Redogöra för teorier och grundläggande principer för statistisk hypotesprövning
• Förklara principer för användningen av parametrisk och icke-parametrisk statistik vid analys av biomedicinska data
• Redogöra för grundläggande principer för statistisk sannolikhet
• Bedöma utmaningar relaterade till statistisk analys av stora datamängder
• Redogöra för bioinformatiska verktyg för att svara på biomedicinska frågeställningar
• Beskriva teori och tillämpning av “alignment”-metoder för sekvenseringsdata

Färdighet och förmågaEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Använda lämpliga statistiska metoder vid analyser utifrån specifika biomedicinska frågeställningar
• Tolka resultat från vanligt förekommande statistiska tester utifrån biomedicinska perspektiv
• Beräkna sannolikheten för att observera en uppsättning oberoende, ömsesidigt exklusiva eller ömsesidigt beroende händelser
• Använda offentliga databaser för att erhålla data av relevans för specifika biomedicinska frågeställningar
• Skriva enkla datorprogram i programmeringsspråket "R" för att utföra statistisk analys av biomedicinska data

Värderingsförmåga och förhållningssättEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Tillämpa ett kritiskt tillvägagångssätt för tolkning av resultat från statistiska tester inom biomedicinsk forskning
• Tillämpa ett välinformerat och kritiskt tillvägagångssätt för att bedöma för- och nackdelar med olika statistiska metoder på specifika biomedicinska frågeställningar

Innehåll

Under kursen studeras grundläggande biomedicinsk statistik. Kursen fokuserar främst på de statistiska metoder som används vid analys av småskalig biomedicinsk data. Särskilt fokus ligger på att förstå de underliggande principerna för de vanligaste statistiska metoderna. Denna statistiska kunskap kommer att tillämpas på biomedicinsk data genom att studenterna skriver enkla datorprogram för att analysera data som erhållits från publicerade studier. Användning och missbruk av statistik inom modern hälso- och sjukvård och biomedicinsk forskning samt de etiska problem som uppstår vid användningen av dem kommer också att studeras. Dessutom kommer studenterna att introduceras till bioinformatikområdet och hur man navigerar och använder webbaserade biomedicinska databaser och bioinformatiska verktyg för att bearbeta stora datamängder.

Kursen omfattar ämnesområdena klassisk statistik, sannolikhetslära, bioinformatik och programmering för statistiska ändamål.