Avancerad bioinformatik

Mål

Inom molekylärbiologin har bioinformatik blivit ett viktigt verktyg för att kunna hantera och dra nytta av de stora mängder värdefulla data som produceras. Datoriserad analys har en roll som både ett stöd för laborativa projekt och ett sätt att extrahera kunskap från befintliga datamängder. Den snabbt ökande mängden information gör dock att det ställs nya krav på att automatisera och göra analyser storskaliga. Den här kursen syftar till att introducera tekniker för att möta denna utmaning. De ämnen som kursen tar upp har många användningsområden, men vi hämtar exempel från bioinformatiken.

Efter väl inhämtad kurs ska du kunna:

• Arbeta i Unix
• Strukturera information för effektiv datorbehandling
• Använda skriptspråk för att lösa bioinformatikproblem
• Använda kodbibliotek inom området för att underlätta programmeringen
• Skapa automatiserade pipelines av olika program.

Innehåll

Att arbeta i Unix, introduktion till Python, God praxis för vetenskaplig programmering. Viktiga moduler för vetenskaplig programmering, terminologi i bioinformatik, databaser och viktiga programpaket/metoder.