Bioinformatik

Mål

Kursen avser att ge grundläggande kunskaper i bioinformatik, närmare bestämt om teorier och praktiska tillämpningar av datorbaserade metoder för analyser av DNA- och proteinsekvenser samt för studier av proteiners strukturer. Det handlar både om teoretisk förståelse samt färdigheter i att praktiskt hantera metoderna. Kursen ska också visa hur ämnet utvecklas genom exempel från forsknings frontlinje. Efter väl inhämtad kurs ska du kunna:

• utnyttja de viktigaste öppna databaserna för litteratur, sekvensdata och strukturinformation,
• utföra jämförelser av sekvenser samt ge goda tolkningar av resultaten,
• ta fram och tolka viktig strukturell information om gener, proteiner och genom,
• diskutera möjligheter och begränsningar hos bioinformatiska verktyg,
• planera för nya bioinformatiska problem och kunna lösa dessa genom att kombinera verktygen som du lär dig i kursen.

Innehåll

Datorbaserade metoder för analys av DNA- och proteinsekvenser och för studier av proteiners struktur. Databaser och metoder för databassökningar. Sekvensjämförelser (både DNA- och proteinnivå). Flersekvensjämförelser, multipla sekvensinpassningar (alignments). Sekvensmönster samt metoder för att karakterisera dessa som profiler och gömda markov modeller. Proteiners domäner. Användning av bioinformatik för funktionell karakteristik av gener och proteiner. Delmomenten belyser både bakomliggande teoretiska modeller och biologiska och biotekniska tillämpningar av de metoder och datorprogram som presenteras.