Projektkurs i strukturbaserad protein targeting och engineering

Mål

Efter genomgången kurs skall studenten kunna:

• Analysera struktur-funktionssamband hos proteiner, andra biologiska makromolekyler och småmolekyler med metoder inom molekylär biofysik samt avancerad strukturbiologisk metodologi inom kristallografi, NMR, Cryo-EM och bioinformatik.
• Planera, genomföra och utvärdera ett multidisciplinärt projektarbete för att lösa en frågeställning med bioteknologisk betydelse.
• Ifrågasätta och tillämpa resultat från strukturbiologiska studier genom att kritiskt utvärdera vetenskaplig litteratur och deponerade strukturdata (speciellt PDB databasen).

Innehåll

Föreläsningsdelen ger en fördjupad inblick i biofysikaliska molekylära mätmetoder samt metodologi och approacher vid strukturstudier av proteiner, andra biologiska makromolekyler och småmolekyler. Tillämpningar som presenteras utgör en sammansmältning av valda exempel ur aktiv forskning från kursledarna och tidigare studentarbete i kurser inom området. Kunskapsinhämtning från föreläsningsdelen och tillämpning av modern programvara redovisas i en individuell inlämningsuppgift (UPG1). Den fortsatta delen av kursen bedrivs i projektform. Projektets mål är att utifrån en beställning utveckla en projektidé till ett produktkoncept såsom en läkemedelskandidat, ett skräddarsytt protein eller en assay. Arbetet genomförs i större grupper, så kallade team. Initialt föreslås för projektet centrala artiklar från beställaren (kursledare). En projektplan presenteras muntligt i seminarieform (UPG2). Efter godkänd UPG2 genomförs projektet av teamet med litteraturstudier, experiment in silico och på forskningslaboratorium. Projektets resultat redovisas med användning av modern programvara för generering av proteinillustrationer. Utvärderade experimentella resultat redovisas både skriftligt i form av en rapport och en muntlig presentation i seminarieform (UPG3).