Databaser för bioinformatik

Mål

Kursen behandlar teoretiska och praktiska principer för lagring och återvinning av information i moderna biologiska databassystem inom bioinformatik. Efter kursen ska du:

• Förstå och kunna använda dig av de viktigaste begreppen inom textbaserad informationslagring på ett korrekt sätt.
• Kunna designa en datamodell med hjälp av EER-modellering
• Kunna designa och använda en relationsdatabas.
• Förstå den teoretiska grunden för relationsmodellen och hur denna påverkar vad som är bra design av en databas.
• Förstå vilka filstrukturer i databashanteringssystemet som kan användas för att implementera en databas.
• Kunna grundprinciper om hur man kan indexera en databas.
• Förstå vilka problem som kan uppstå när databasen hanterar många användare och några möjliga lösningar på detta.
• Förstå hur databasen kan garantera att data är persistenta och hur detta löses med hjälp av databasåterställning och backup.
• Förstå vilka problem som kan uppstå när en användare behöver integrera information i olika databaser och några möjliga lösningar på detta.

Innehåll

• Principer för lagring av information: text, semi-strukturerad data, datamodeller, regler.
• Text: grundläggande begrepp inom informationsåtervinning (information retrieval), konceptuella modeller, lagringsmodeller, sökmekanismer, rankning. Semi-strukturerad data: konceptuell modell, sökmekanismer.
• Datamodeller: relationsmodell, objektmodell.
• Databaser: Principer för och använding av generella databashanteringssystem (DBMS). Metoder för datamodellering och databasdesign. Fysiska databasen. Databasspecifika datastrukturer. Frågespråk. Fleranvändarsystem: transaktioner, samtidighetskontroll, återställning. Integration av biologiska databaser.