Proteinkemi

Mål

Kursen avser att ge fördjupade kunskaper inom följande områden: Proteinkemin, protein engineering, struktur-funktionssamband, proteiners biofysikalisk-kemiska egenskaper och metodologi för karaktärisering av proteiner. Efter väl inhämtad kurs kan man:

• Identifera strukturmotiv och därifrån dra slutsatser om proteiners struktur och funktion.
• Söka information från olika databaser för att visualisera proteinstrukturer och jämföra proteinsekvenser.
• Utifrån detaljerade kemiska och fysikaliska egenskaper dra slutsatser om proteindynamik, struktur och funktion.
• Proteinveckningens grundläggande mekanismer och har en fördjupad förståelse av de faktorer som avgör ett proteins stabilitet.
• Formulera problemställningar inom området, som kan besvaras med experimentell metodik
• Ha ett reflekterande, vetenskapligt förhållningsätt till teorier och experimentella data.
• Arbeta i grupp i projektform på laboratoriet.

Innehåll

Vid teoriundervisningen behandlas olika strukturmotiv hos proteiner som alfadomänstrukturer, alfa/betastrukturer, antiparallella betastrukturer, multifunktionella enzymer, membranproteiner, förutsägelse av proteinstrukturer. Vidare behandlas fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Moment som behandlas är kemiska egenskaper hos polypeptider, protein engineering, fysikaliska interaktioner som bestämmer proteiners egenskaper, bl.a. hydrofobinteraktionens roll, proteinstrukturens flexibilitet, proteiners stabilitet, proteinveckningsmekanismer, interaktion med andra molekyler, enzymkatalys. Inom projektdelen behandlas fysikaliska.kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Biofysikaliska mätmetoder som fluorescencespektroskopi, cirkulardikroism (CD) och kalorimetri (ITC) används. Vidare andvänds sekvensanalys och strukturmodullering för resultatanalys.