Projektkurs: Bioinformatik av stordata

Mål

Kunskap och förståelseEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Beskriva för- och nackdelar med olika programmeringsplattformar för att lösa specifika biomedicinska frågeställning
• Beskriva hur stordata kan användas för att uppnå precisions-baserad medicin, och redogöra för de etiska problem som kan uppstå
• Förstå begränsningarna i att använda stordata för att lösa biomedicinska problem
• Redogöra för de beräkningsmässiga utmaningarna i samband med produktion, lagring och analys av stora data
• Beskriva livscykeln för applikationsutveckling från ett grundläggande programtekniskt perspektiv
• Redogöra för olika sätt att kommersialisera biomedicinska mjukvarulösningar

Färdighet och förmågaEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Använda offentliga "omic" databaser och identifiera lämpliga dataset för att lösa specifika biomedicinska frågeställningar
• Skriva program i programmeringsspråket R för att läsa, hantera och analysera stora biomedicinska dataset
• Identifiera och använda lämpliga mjukvarupaket och verktyg för att lösa specifika biomedicinska frågeställningar
• Beskriva både muntligt och skriftligt potentialen med biomedicinska mjukvarulösningar för ekonomisk och samhällelig utveckling
• Tillämpa och förstå metoder för agil projektledning

Värderingsförmåga och förhållningssättEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Demonstrera ett kritiskt tillvägagångssätt för att söka relevant biomedicinsk information inom området stordata och bioinformatik
• Kritiskt bedöma den medicinska och ekonomiska potentialen som biomedicinska mjukvarulösningar har för samhället

Innehåll

Kursen omfattar studier av bioinformatikanalys av stora data för utveckling av individbaserad medicin. Kursen innehåller utbildning i användandet av R-programmeringsspråket för att analysera stora "omic" data, med målet att identifiera nya biomarkörer och läkemedelsmål. Kursen introducerar också de processer genom vilka biomedicinska mjukvarulösningar kan utvecklas, kommersialiseras och publiceras. Dessutom studeras begrepp och etiska frågor kring generering och användning av stora data i modern medicinsk praxis.

Kursen omfattar ämnesområdena bioinformatik, medicinsk genomik, medicinsk etik och grundläggande mjukvaruutveckling.