Proteinstruktur och funktion

Mål

Kunskap och förståelseEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Identifiera vanligt förekommande strukturmotiv i relation till proteiners struktur och funktion
• Redogöra för proteinveckningens mekanismer och de faktorer som avgör ett proteins stabilitet

Färdighet och förmågaEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Utföra beräkningar av proteiners stabilitet och ligandinteraktioner utifrån laborativa data
• Söka information från olika databaser för att visualisera proteinstrukturer och jämföra proteinsekvenser

Värderingsförmåga och förhållningssättEfter avslutad kurs förväntas studenten kunna:

• Kritiskt granska detaljerade kemiska och fysikaliska egenskaper hos proteiner för att dra slutsatser om dynamik, struktur och funktion

Innehåll

Kursen avser att ge fördjupade kunskaper inom proteinkemi, protein engineering, struktur-funktionssamband, proteiners biofysikaliska-kemiska egenskaper och metodologi för karaktärisering av proteiner. Studier sker av olika strukturmotiv hos proteiner (som alfadomänstrukturer, alfa/betastrukturer och antiparallella betastrukturer) som inbegriper membranproteiner och förutsägelse av proteinstrukturer. Vidare behandlas fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Moment som behandlas är kemiska egenskaper hos polypeptider, protein engineering, fysikaliska interaktioner som bestämmer proteiners egenskaper, bl.a. hydrofobinteraktionens roll, proteinstrukturens flexibilitet, proteiners stabilitet, proteinveckningsmekanismer, interaktion med andra molekyler, enzymkatalys. Vid datorlaborationer görs sökningar i databaser för att studera tre-dimensionella strukturer av proteiner liksom för att göra datorsimulering av olika strukturer.

Kursen omfattar ämnesområdet biokemi/proteinkemi.