Protein Chemistry

Aim

Kursen avser att ge fördjupade kunskaper inom följande områden:

Den teoretiska delen behandlar protein engineering, struktur-funktionssamband, proteiners biofysikalisk-kemiska egenskaper och metodologi för karaktärisering av proteiner. Den experimentella delen behandlar expression av klonade proteiner och metodologi för rening av proteiner samt karakterisering av dessa.

Efter väl inhämtad kurs ska den studerande kunna:

Teoretisk del:

• identifiera hur proteiner är uppbyggda
• använda information från olika databaser för att jämföra aminosyrasekvenser och utifrån det göra förutsägelser relaterade till proteinets biofysikaliska egenskaper
• använda biofysikaliska mätdata för karakterisering av proteiner.

Experimentell del:

• producera och rena klonade proteiner
• formulera problemställningar inom området, som kan besvaras med experimentell metodik
• arbeta i grupp i projektform på laboratoriet
• uppvisa ett reflekterande, vetenskapligt förhållningsätt till teorier och experimentella data.

Content

Inom kursens teoretiska del behandlas olika strukturmotiv hos proteiner som alfadomänstrukturer, alfa/betastrukturer, antiparallella betastrukturer, multifunktionella enzymer, membranproteiner, förutsägelse av proteinstrukturer. Vidare behandlas fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Moment som behandlas är kemiska egenskaper hos polypeptider, protein engineering, fysikaliska interaktioner som bestämmer proteiners egenskaper, bl.a. hydrofobinteraktionens roll, proteinstrukturens flexibilitet, proteiners stabilitet, proteinveckningsmekanismer, interaktion med andra molekyler, enzymkatalys.

Inom den experimentella delen behandlas expression av protein, proteinrening, fysikalisk-kemiska egenskaper hos proteiner och metodik för studier av dessa. Biofysikaliska mätmetoder som exempelvis fluorescencespektroskopi, cirkulär dikroism (CD) och kalorimetri (ITC) används. Vidare används sekvensanalys och strukturmodellering för resultatanalys.